Fu edificata nel 1615 sul luogo occupato dalla casa paterna di san Francesco, della quale si conservano notevoli resti: le porte d’ingresso al negozio, il fondaco nel quale il padre Pietro di Bernardone custodiva le sue merci e la prigione, dove Francesco fu da lui rinchiuso dopo aver venduto le stoffe preziose per restaurare, con il denaro ricavato, la chiesa di San Damiano. Nei pressi si trova San Francesco Piccolino, ovvero la “stalla” di Pietro di Bernardone, ove secondo la tradizione nacque Francesco da Madonna Pica, tra l’autunno e l’inverno del 1181-1182.